• Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών κατεύθυνση Υδροβιολογία και Υδατοκαλλιέργειες
• Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών κατεύθυνση Εφαρμοσμένη Γενετική και Βιοτεχνολογία 

• Διατήρηση της Βιοποικιλότητας και Αειφορική Εκμετάλλευση Αυτοφυών Φυτών 
    

• Οικολογική ποιότητα και διαχείριση υδάτων σε επίπεδο λεκάνης απορροής

(Συντονιστής: Τμήμα Βιολογίας)  

• Νανοεπιστήμες και Νανοτεχνολογίες - Ν&Ν

(Συντονιστής: Τμήμα Φυσικής) 

• Ειδίκευση στην Περιβαλλοντική Εκπαίδευση

(Συντονιστής: Τμήμα Επιστημών Προσχολικής Αγωγής και Εκπαίδευσης)
 

• Αειφορική Διαχείριση Προστατευόμενων Περιοχών

(Συντονιστής: Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων) 

Προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών που έχουν καταργηθεί

• Οικολογικός Σχεδιασμός, Βιώσιμη Ανάπτυξη και Διαχείριση Προστατευόμενων Περιοχών