Τι νέο υπάρχει?       English version

Μάθημα

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

Πληροφορίες Μαθήματος

Τίτλος ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ / BIOINFORMATICS
Κωδικός Γ.ΜΒ.6.7
Σχολή Θετικών Επιστημών
Τμήμα Βιολογίας
Κύκλος / Επίπεδο 1ος / Προπτυχιακό
Περίοδος Διδασκαλίας Εαρινή
Υπεύθυνος/η Ζαχαρίας Σκούρας
Γνωστικό Αντικείμενο ΓΕΝΕΤΙΚΗ
Κατάσταση Ενεργό
Course ID 40001171

Πρόγραμμα Σπουδών

: ΠΠΣ Τμήμα Βιολογίας (2010-σήμερα)

Κατεύθυνση Τύπος Παρακολούθησης Εξάμηνο Έτος ECTS
Μοριακή Βιολογία, Γενετική και Βιοτεχνολογία Υποχρεωτικό Κατεύθυνσης 6 3 5
Περιβαλλοντική Βιολογία Επιλογής 6 3 5
Γενική Επιλογή Κατεύθυνσης 6 3 5

Πληροφορίες Τάξης

Τίτλος ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Ακαδημαϊκό Έτος 2015 – 2016
Περίοδος Τάξης Εαρινή
Διδάσκοντες
Class ID
600004520
Τύπος Μαθήματος
  • Επιστημονικής ΠεριοχήςΠρόκειται για τα μαθήματα εκείνα που αναφέρονται σε γνωστικά πεδία που εντάσσονται άμεσα στο επιστημονικό αντικείμενο του Προγράμματος Σπουδών. Συνήθως διδάσκονται από το δεύτερο εξάμηνο των σπουδών και μετά, χωρίς βεβαίως να αποκλείεται η ένταξή τους και στο πρώτο. Παραδείγματα τέτοιων μαθημάτων είναι η Φυσιολογία φυτών, η Βιολογία κυττάρου κα.
  • Ανάπτυξης ΔεξιοτήτωνΜαθήματα που δεν στοχεύουν στην παροχή επιστημονικής γνώσης στο αντικείμενο του Προγράμματος Σπουδών, αλλά στην καλλιέργεια και ανάπτυξη άλλων δεξιοτήτων των φοιτητών. Παραδείγματα τέτοιων μαθημάτων είναι τα μαθήματα επιχειρηματικότητας και ενδεχομένως και οι ξένες γλώσσες.
Τρόπος Παράδοσης
  • Πρόσωπο με πρόσωπο
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
Γλώσσα Διδασκαλίας
  • Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
  • Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Προαπαιτήσεις
Προαπαιτούμενα Μαθήματα
  • Γ.ΜΒ.5.2 ΕΙΔΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ ΓΕΝΕΤΙΚΗΣ
  • Γ.ΜΒ.5.4 ΓΕΝΕΤΙΚΗ ΜΗΧΑΝΙΚΗ
  • Γ.ΜΒ.5.6 ΕΙΔΙΚΑ ΘΕΜΑΤΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΒΙΟΛΟΓΙΑΣ
Γενικές Προαπαιτήσεις
Βιοστατιστική.
Μαθησιακά Αποτελέσματα
Κατάρτιση σε εφαρμογές της πληροφορικής πάνω στην οργάνωση και κατανόηση της βιολογικής πληροφορίας. Εξοικείωση με τη διαχείριση, τον έλεγχο και την ανάλυση μοριακών δεδομένων με απώτερο σκοπό την εξαγωγή βιολογικών συμπερασμάτων. Απόκτηση ικανότητας χρήσης των πολυάριθμων βάσεων δεδομένων βιολογικής πληροφορίας μέσω του διαδικτύου. Εξοικείωση με εργαλεία ανάκτησης, σύγκρισης και ανάλυσης βιολογικής πληροφορίας. Εξοικείωση με τη χρήση προγραμμάτων ηλεκτρονικών υπολογιστών και εξυπηρετητών διαδικτύου για την εύρεση ομολογίας, τη γενετική ανάλυση, την ανάλυση γονιδιωμάτων, τον καθορισμό τρισδιάστατης δομής μακρομορίων, τη φυλογενετική ανάλυση αλληλουχιών DNA και αμινοξέων. Θεωρητική κατάρτιση στα μοντέλα εξέλιξης και εξοικείωση με τα βασικά βήματα και τις ποικίλες εφαρμογές των φυλογενετικών αναλύσεων.
Γενικές Ικανότητες
  • Εφαρμογή της γνώσης στην πράξη
  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
  • Αυτόνομη εργασία
  • Ομαδική εργασία
  • Εργασία σε διεθνές περιβάλλον
  • Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
  • Παραγωγή νέων ερευνητικών ιδεών
Περιεχόμενο Μαθήματος
Διαλέξεις: Ορισμός, σχεδιασμός και δομή μιας βάσης δεδομένων. Στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση και αξιολόγηση αποτελεσμάτων αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Πρόβλεψη πρωτεϊνικών δομών. Ανάλυση μοτίβων. Σχεδιασμός εκκινητών. Στοίχιση και εύρεση ομολογίας αλληλουχιών. Μοντέλα εξέλιξης. Κατασκευή και αξιολόγηση φυλογενετικών δέντρων. Μελλοντική βιοπληροφορική και εξελίξεις στην υπολογιστική βιολογία.
Εργαστήρια: Χρήση βάσεων δεδομένων και στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Στοίχιση αλληλουχιών. Χρήση εξυπηρετητών διαδικτύου για εύρεση ομολογίας. Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων.
Λέξεις Κλειδιά
Βιοπληροφορική, Υπολογιστική βιολογία, Στοίχιση αλληλουχιών, Φυλογένεση, Βάση δεδομένων
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
  • Διαφάνειες
  • Διαδραστικές ασκήσεις
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Χρήση Τ.Π.Ε.
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Αξιολόγηση των Φοιτητών
Περιγραφή
Παρουσιάσεις σε Power Point, χρήση νησίδας υπολογιστών και ηλεκτρονική επικοινωνία με τους φοιτητές.
Οργάνωση Μαθήματος
Δραστηριότητες Ώρες ΔιδασκαλίαςΣυνολικός για το εξάμηνο χρόνος απασχόλησης των φοιτητών στην τάξη, το εργαστήριο, το πεδίο κλπ. Δεν συμπεριλαμβάνεται ο χρόνος προσωπικής μελέτης των φοιτητών. Φόρτος ΕργασίαςΣυνολικές για το εξάμηνο ώρες που πρέπει να αφιερώσουν οι φοιτητές για την αντίστοιχη μαθησιακή δραστηριότητα. Συμπεριλαμβάνεται ο χρόνος στην τάξη, το εργαστήριο, το πεδίο κλπ. Πιστωτικές ΜονάδεςΟι πιστωτικές μονάδες (ECTS) της αντίστοιχης μαθησιακής δραστηριότητας. Κάθε πιστωτική μονάδα αντιστοιχεί σε 25 με 30 ώρες φόρτου εργασίας των φοιτητών. ΑτομικάΓια τη μαθησιακή δραστηριότητα δεν απαιτείται συνεργασία μεταξύ των φοιτητών ΟμαδικάΓια τη μαθησιακή δραστηριότητα οι φοιτητές συνεργάζονται σε ομάδες ErasmusΗ μαθησιακή δραστηριότητα προσφέρεται στους φοιτητές των προγραμμάτων ανταλλαγής
Διαλέξεις 26
Σεμινάρια 2
Εργαστηριακή Άσκηση 16
Φροντιστήριο 2
Διαδραστική διδασκαλία στο Υπολογιστικό Κέντρο 4
Σύνολο 50
Αξιολόγηση Φοιτητών
Περιγραφή
1. Γραπτή εξέταση στην ύλη του μαθήματος (75% του τελικού βαθμού). ΕΞέταση με δοκιμασία πολλαπλών επιλογών και απάντηση σε ερωτήσεις γνώσης ή κρίσης.
2. Eργαστηριακές εξετάσεις γραπτές (25% του τελικού βαθμού): Περιλαμβάνει αξιολόγηση εργαστηριακής άσκησης.
Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Πολλαπλής Επιλογής (ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Σύντομης Απάντησης (ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
  • Γραπτή Εξέταση με Ερωτήσεις Εκτεταμένης Απάντησης (ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
  • Γραπτή Εργασία (ΔιαμορφωτικήΗ διαμορφωτική αξιολόγηση (για βελτίωση) αναφέρεται στις τυπικές και άτυπες διαδικασίες αξιολόγησης που εφαρμόζονται από τους διδάσκοντες κατά τη διάρκεια του εξαμήνου προκειμένου να τροποποιήσουν της διδακτικές και μαθησιακές τους δραστηριότητες για να βελτιώσουν τη μάθηση των φοιτητών., ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
  • Γραπτή Εξέταση με Επίλυση Προβλημάτων (ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
Βιβλιογραφία
Βιβλιογραφία μαθήματος (Εύδοξος)
Baxevanis A.D. & Ouellette F. (Ελληνική έκδοση). 2004. Βιοπληροφορική. Επιστημονικές Εκδόσεις Παρισιάνου Α.Ε. Αθήνα (Επιμέλεια ελληνικής έκδοσης: Ευάγγελος Ν. Μουδριανάκης, Σταύρος Ι. Χαμόδρακας).
Επιπρόσθετη βιβλιογραφία για μελέτη
β1. Ηλεκτρονικό υλικό στο Blackboard

β2. Χρήσιμες ιστοσελίδες
- National Center for Biotechnology Information (NCBI)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- European Bioinformatics Institute (EBI)
http://www.ebi.ac.uk/
- Ensembl Genome Browser
http://www.ensembl.org/index.html
- PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
- Bionformatics (Oxford Journals)
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/
- Nucleic Acids Research (Oxford Journals)
http://nar.oxfordjournals.org/
- Sequence Retrieval System (SRS)
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+srsq2+-noSession
- Codon Usage Database
http://www.kazusa.or.jp/codon/
- The Restriction Enzyme Database (REBASE)
http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html
- Genomatix Software Suite
http://www.genomatix.de/cgi-bin/tools/tools.pl
- Bioweb (Institut Pasteur)
http://bioweb2.pasteur.fr/
- The GENSCAN Web Server at MIT
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
- Softberry
http://linux1.softberry.com/berry.phtml
- Phylogeny Programs
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html

Τελευταία Επικαιροποίηση
08-11-2015

Θεωρία: 

2

Εργαστήρια: 

2

Συνολικές ώρες ανά εβδομάδα: 

4

Newsletter

Εάν επιθυμείτε να λαμβάνετε τα νέα του τμήματος στο email σας, εγγραφείτε στο newsletter του τμήματος

Επικοινωνία

Γραμματεία Τμήματος Βιολογίας
T.K. 54124 Θεσσαλονίκη

Συνδεθείτε

Το τμήμα Βιολογίας στα social networks.
Ακολουθήστε μας ή συνδεθείτε μαζί μας.