Τι νέο υπάρχει?       English version

Μάθημα

ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ

Πληροφορίες Μαθήματος

Τίτλος ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ / Bioinformatics
Κωδικός ABA3
Σχολή Θετικών Επιστημών
Τμήμα Βιολογίας
Κύκλος / Επίπεδο 2ος / Μεταπτυχιακό
Περίοδος Διδασκαλίας Χειμερινή
Υπεύθυνος/η Ζαχαρίας Σκούρας
Κοινό Όχι
Κατάσταση Ενεργό
Course ID 40003395

Πληροφορίες Τάξης

Τίτλος ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ
Ακαδημαϊκό Έτος 2016 – 2017
Περίοδος Τάξης Χειμερινή
Διδάσκοντες μέλη ΔΕΠ
Class ID
600039467
Τύπος Μαθήματος
  • Επιστημονικής ΠεριοχήςΠρόκειται για τα μαθήματα εκείνα που αναφέρονται σε γνωστικά πεδία που εντάσσονται άμεσα στο επιστημονικό αντικείμενο του Προγράμματος Σπουδών. Συνήθως διδάσκονται από το δεύτερο εξάμηνο των σπουδών και μετά, χωρίς βεβαίως να αποκλείεται η ένταξή τους και στο πρώτο. Παραδείγματα τέτοιων μαθημάτων είναι η Φυσιολογία φυτών, η Βιολογία κυττάρου κα.
  • Ανάπτυξης ΔεξιοτήτωνΜαθήματα που δεν στοχεύουν στην παροχή επιστημονικής γνώσης στο αντικείμενο του Προγράμματος Σπουδών, αλλά στην καλλιέργεια και ανάπτυξη άλλων δεξιοτήτων των φοιτητών. Παραδείγματα τέτοιων μαθημάτων είναι τα μαθήματα επιχειρηματικότητας και ενδεχομένως και οι ξένες γλώσσες.
Τρόπος Παράδοσης
  • Πρόσωπο με πρόσωπο
Ηλεκτρονική Διάθεση Μαθήματος
Γλώσσα Διδασκαλίας
  • Ελληνικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
  • Αγγλικά (Διδασκαλία, Εξέταση)
Μαθησιακά Αποτελέσματα
Εξοικείωση με αλληλουχίες βιολογικών μακρομορίων, με Βάσεις Δεδομένων και με τον τρόπο ανάκτησης πληροφοριών. Εξοικείωση με την οργάνωση των μεταγραφικών μονάδων προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών οργανισμών καθώς και ιών και την ανάλυσή τους σε φυλογενετικό και λειτουργικό επίπεδο με χρήση ειδικών προγραμμάτων Η/Υ καθώς και του διαδικτύου. Μελέτη των βασικότερων Βάσεων Βιολογικών Δεδομενών, των τύπων πληροφοριών που διατηρούν και των τρόπων αναζήτησης και ανάκτησης πληροφοριών από αυτές. Εξέταση των βασικών αρχών λειτουργίας προγράμματων που είναι διαθέσιμα στο διαδικτύο καθώς και standalone υπολογιστικών πακέτων που είναι απαραίτητα για την ανάλυση νουκλεοτιδικών και πρωτεϊνικών αλληλουχιών, τον καθορισμό μεταγραφικής μονάδας, την εύρεση θέσεων ενζύμων περιορισμού, το σχεδιασμό εκκινητών για την Αλυσιδωτή Αντίδραση Πολυμεράσης, την ανάλυση γονιδιωμάτων, την πρόβλεψη δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνικών μορίων κ.α. Εισαγωγή στη γονδιωματική/μεταγονιδιωματική και στα βιολογικά δίκτυα. Εξοικείωση με μεθοδολογίες δυαδικής και πολλαπλής στοίχισης νουκλεοτιδικών και πρωτεϊνικών αλληλουχιών, με έμφαση στους αλγόριθμους BLAST και Clustalw. Εξοικείωση με τα βήματα και τις μεθόδους κατασκευής φυλογενετικών δέντρων.
Γενικές Ικανότητες
  • Αναζήτηση, ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών, με τη χρήση και των απαραίτητων τεχνολογιών
  • Εργασία σε διεπιστημονικό περιβάλλον
Περιεχόμενο Μαθήματος
Διαλέξεις: Βασικές αρχές λειτουργίας και χρήσης της νησίδας Η/Υ. Ορισμός, σχεδιασμός και δομή μιας βάσης δεδομένων. Στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση και αξιολόγηση αποτελεσμάτων αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Ανάλυση μεταγραφικής μονάδας. Σχεδιασμός εκκινητών. Βασικές αρχές δομής, λειτουργίας και εξέλιξης γονιδιωμάτων. Βιολογικά δίκτυα. Αλγόριθμοι στοίχισης βιολογικών ακολουθιών. Μοντέλα εξέλιξης. Κατασκευή και αξιολόγηση φυλογενετικών δέντρων. Μεγάλης κλίμακας φυλογενετικές αναλύσεις και νέα εργαλεία. Μελλοντική βιοπληροφορική και εφαρμογές.
Εργαστήρια: Στατιστική ανάλυση. Χρήση νησίδας Η/Υ. Βάσεις δεδομένων και στρατηγικές αναζήτησης. Ανάλυση ακολουθιών DNA και αμινοξέων. Ανάλυση μεταγραφικής μονάδας. Στοίχιση βιολογικών ακολουθιών και εύρεση μοτίβων. Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων.
Τύποι Εκπαιδευτικού Υλικού
  • Διαφάνειες
  • Πολυμεσικό υλικό
  • Διαδραστικές ασκήσεις
Χρήση Τεχνολογιών Πληροφορίας και Επικοινωνιών
Χρήση Τ.Π.Ε.
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στη Διδασκαλία
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Εργαστηριακή Εκπαίδευση
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Επικοινωνία με τους φοιτητές
  • Χρήση Τ.Π.Ε. στην Αξιολόγηση των Φοιτητών
Οργάνωση Μαθήματος
Δραστηριότητες Φόρτος ΕργασίαςΣυνολικές για το εξάμηνο ώρες που πρέπει να αφιερώσουν οι φοιτητές για την αντίστοιχη μαθησιακή δραστηριότητα. Συμπεριλαμβάνεται ο χρόνος στην τάξη, το εργαστήριο, το πεδίο κλπ. ECTSΟι πιστωτικές μονάδες (ECTS) της αντίστοιχης μαθησιακής δραστηριότητας. Κάθε μονάδα αντιστοιχεί σε Χ ώρες φόρτου εργασίας των φοιτητών. ΑτομικάΓια τη μαθησιακή δραστηριότητα δεν απαιτείται συνεργασία μεταξύ των φοιτητών ΟμαδικάΓια τη μαθησιακή δραστηριότητα οι φοιτητές συνεργάζονται σε ομάδες ErasmusΗ μαθησιακή δραστηριότητα προσφέρεται στους φοιτητές των προγραμμάτων ανταλλαγής
Διαλέξεις
Σεμινάρια
Εργαστηριακή Άσκηση
Μελέτη και ανάλυση βιβλίων και άρθρων
Φροντιστήριο
Διαδραστική διδασκαλία στο Υπολογιστικό Κέντρο
Σύνολο
Αξιολόγηση Φοιτητών
Περιγραφή
Εκπόνηση ομαδικής εργασίας και ανάπτυξή της ενώπιον των λοιπών φοιτητών της κατεύθυνσης και τριών καθηγητών. Βαθμολόγηση σε κλίμακα 0 ώς 10 [ελάχιστος προβιβάσιμος βαθμός το έξι (6)] με συμπλήρωση ειδικού εντύπου (Δελτίο Αξιολόγησης Εργασιών), ένα για κάθε φοιτητή.
Μέθοδοι Αξιολόγησης Φοιτητών
  • Γραπτή Εργασία (ΔιαμορφωτικήΗ διαμορφωτική αξιολόγηση (για βελτίωση) αναφέρεται στις τυπικές και άτυπες διαδικασίες αξιολόγησης που εφαρμόζονται από τους διδάσκοντες κατά τη διάρκεια του εξαμήνου προκειμένου να τροποποιήσουν της διδακτικές και μαθησιακές τους δραστηριότητες για να βελτιώσουν τη μάθηση των φοιτητών., ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
  • Προφορική Εξέταση (ΔιαμορφωτικήΗ διαμορφωτική αξιολόγηση (για βελτίωση) αναφέρεται στις τυπικές και άτυπες διαδικασίες αξιολόγησης που εφαρμόζονται από τους διδάσκοντες κατά τη διάρκεια του εξαμήνου προκειμένου να τροποποιήσουν της διδακτικές και μαθησιακές τους δραστηριότητες για να βελτιώσουν τη μάθηση των φοιτητών., ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
  • Δημόσια Παρουσίαση (ΔιαμορφωτικήΗ διαμορφωτική αξιολόγηση (για βελτίωση) αναφέρεται στις τυπικές και άτυπες διαδικασίες αξιολόγησης που εφαρμόζονται από τους διδάσκοντες κατά τη διάρκεια του εξαμήνου προκειμένου να τροποποιήσουν της διδακτικές και μαθησιακές τους δραστηριότητες για να βελτιώσουν τη μάθηση των φοιτητών., ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
  • Εργαστηριακή Εργασία (ΔιαμορφωτικήΗ διαμορφωτική αξιολόγηση (για βελτίωση) αναφέρεται στις τυπικές και άτυπες διαδικασίες αξιολόγησης που εφαρμόζονται από τους διδάσκοντες κατά τη διάρκεια του εξαμήνου προκειμένου να τροποποιήσουν της διδακτικές και μαθησιακές τους δραστηριότητες για να βελτιώσουν τη μάθηση των φοιτητών., ΣυμπερασματικήΗ συμπερασματική αξιολόγηση (για βαθμολόγηση) αναφέρεται στην αξιολόγηση της μάθησης και εκφράζει την ανάπτυξη που παρουσίασαν οι φοιτητές στο πλαίσιο του μαθήματος.)
Βιβλιογραφία
Βιβλιογραφία μαθήματος (Εύδοξος)
Baxevanis A.D. & Ouellette F. (Ελληνική έκδοση). 2004. Βιοπληροφορική. Επιστημονικές Εκδόσεις Παρισιάνου Α.Ε. Αθήνα (Επιμέλεια ελληνικής έκδοσης: Ευάγγελος Ν. Μουδριανάκης, Σταύρος Ι. Χαμόδρακας).
Επιπρόσθετη βιβλιογραφία για μελέτη
β1. Ηλεκτρονικό υλικό στο Blackboard

β2. Χρήσιμες ιστοσελίδες
- National Center for Biotechnology Information (NCBI)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- European Bioinformatics Institute (EBI)
http://www.ebi.ac.uk/
- Ensembl Genome Browser
http://www.ensembl.org/index.html
- PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
- Bionformatics (Oxford Journals)
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/
- Nucleic Acids Research (Oxford Journals)
http://nar.oxfordjournals.org/
- Sequence Retrieval System (SRS)
http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+srsq2+-noSession
- Codon Usage Database
http://www.kazusa.or.jp/codon/
- The Restriction Enzyme Database (REBASE)
http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html
- Genomatix Software Suite
http://www.genomatix.de/cgi-bin/tools/tools.pl
- Bioweb (Institut Pasteur)
http://bioweb2.pasteur.fr/
- The GENSCAN Web Server at MIT
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
- Softberry
http://linux1.softberry.com/berry.phtml
- Phylogeny Programs
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html

Τελευταία Επικαιροποίηση
01-12-2015

Newsletter

Εάν επιθυμείτε να λαμβάνετε τα νέα του τμήματος στο email σας, εγγραφείτε στο newsletter του τμήματος

Επικοινωνία

Γραμματεία Τμήματος Βιολογίας
T.K. 54124 Θεσσαλονίκη

Συνδεθείτε

Το τμήμα Βιολογίας στα social networks.
Ακολουθήστε μας ή συνδεθείτε μαζί μας.