Τα πρόσφατα ερευνητικά ενδιαφέροντα των μελών του Τομέα Βοτανικής συνοπτικά αναφέρονται παρακάτω:
 

• Αναπαραγωγή φυτών in vitro και βιοτεχνολογία φυτών
• Αρωματικά και φαρμακευτικά φυτά στην Ελλάδα: ταξινόμηση, βιογεωγραφία, δευτερογενείς μεταβολίτες (χημειοταξινόμηση)
• Βιολογία φυτικού κυττάρου. Δομή, λειτουργία και διαφοροποίηση φυτικών κυττάρων, ιστών και αδένων
• Βιοχημικοί και μοριακοί δείκτες ταξινόμησης και φυλογένεσης φυτών
• Γενετική πληθυσμών και εξέλιξη φυτικών ειδών
• Ελληνική χλωρίδα και βλάστηση
• Εντοπισμός ενζύμων φωτοσυνθετικής διεργασίας. Μεταβολισμός του άνθρακα. Φωτοσυνθετικοί μικροοργανισμοί. Ανθίσεις κυανοβακτηρίων. Τοξίνες κυανοβακτηρίων
• Κύκλοι ζωής και οικοφυσιολογία θαλάσσιων μακρόφυτων 
• Μοριακή βιολογία φυτών. Μοριακή γενετική Arabidopsis. Μοριακή φυσιολογία φυτών.
• Mοριακοί μηχανισμοί φωτοσύνθεσης σε συνθήκες αβιοτικού στρες
• Οικοφυσιολογία: Συσσώρευση βαρέων μετάλλων από φυτά. Πρόσληψη ραδιονουκλιδίων. Επιδράσεις της ρύπανσης στα φυτά
• Περιβαλλοντικές καταπονήσεις και οξειδωτικό στρες 
• Ποικιλότητα (μορφολογική, γενετική, φυλογενετική, μεταβολιτών) φυτικών οργανισμών. 
• Πολυφασική ταξινόμηση και οικολογία φυτοπλαγκτού. Εκτίμηση ευτροφισμού και ποιότητας νερού.